Skąpe miesiączki najczęściej spowodowane są zaburzeniami hormonalnymi, zmianami w obrębie jamy macicy jak również zaburzeniami nerwicowymi. Niewydolność jajników może być przyczyną niedostatecznego wydzielania estrogenów mających wpływ na endometrium.

Błona śluzowa macicy nie rozrasta się w sposób prawidłowy lub też dochodzi do jej przerośnięcia oraz niedostatecznego złuszczenia w trakcie miesiączki. Skąpe miesiączki bardzo często występują w przypadku zespołu policystycznych jajników oraz w niepłodności. Często zdarza się, że po zabiegach wyłyżeczkowania macicy, w jej jamie, na skutek uszkodzenia podstawnej warstwy błony śluzowej powstają bliznowate zrosty.

Powikłanie takie nosi nazwę zespołu Ashermana. Do zespołu Ashermana może także dojść w wyniku przewlekłych stanów zapalnych błony śluzowej macicy lub też po zabiegach operacyjnych wykonywanych na macicy. Skąpe miesiączki mogą być również jednym z objawów nadczynności tarczycy i jednocześnie choroby Gravesa-Basedova.

W przypadku stosowania hormonalnej antykoncepcji w postaci tabletek bądź też wkładek wewnątrzmacicznych uwalniających lewonorgestrel krwawienia miesiączkowe są o wiele mniej obfite.